Çırağan’ın bugün Beşiktaş ve Ortaköy arasında bulunan yeri 17. yüzyılda “Kazancıoğlu Bahçeleri” diye bilinirdi. 18. yüzyılda Beşiktaş kıyılarını süsleyen denize nazır saraylar ve bahçeler Lale Devri diye bilinen ‘Çiçek ve Müzik Aşkı’ döneminin en önemli simgelerinden sayılmıştır. Bu dönem, bir eğlence olduğu kadar bir kültür parlaklığı devriydi. Dönemin hükümdarı olan III. Ahmet buradaki mülkünü gözde Vezir-i Azam’ı İbrahim Paşa’ya hediye etmiş ve ilk yalı Nevşehirli Damat İbrahim Paşa tarafından eşi Fatma Sultan (III.Ahmet’in kızı) için inşa ettirilmiştir. Kendisi burada Çırağan Şenlikleri denilen meş’ale şenliklerini düzenletmiştir. İşte bu olaylar dolayısıyla bu alan Farsça’da ışık anlamına gelen ‘Çırağan’ ismiyle anımaya başlanmıştır.
Sultan II. Mahmut 1834’te bu alanı yeniden yapılandırma kararı alır. Önce mevcut olan yalıyı yıktırır. Yapının etrafında bulunan okul ve cami ortadan kaldırılır ve mevlevihane yakında bulunan bir yalıya nakledilir. Yeni saray için büyük ölçüde ahşap kullanılır gibi görünmesine rağmen esas bölümün temelinin yapımında tamamen taş kullanılmıştır. 40 adet sütun dikilerek klasik bir görünüm verilmiştir.

1840’da Çırağan Sarayi
Abdülmecit 1857’de Sultan II. Mahmut’un yaptırdığı ilk sarayı yıktırmış, batı mimarisi tarzında bir saray yaptırmayı planlamış ancak 1863’te vefat ettiğinden ve parasal sıkıntılar yüzünden sarayın yapımı yarım kalmıştır.
Abdülaziz, yeni sarayın inşaatını 1871’de tamamlatmış ancak stil olarak batı değil, doğu mimarisi seçilmiş ve Kuzey Afrika İslam Mimarisi uygulanmıştır. Sarayın müteahhitliğini Sarkis Balyan ve ortağı Kirkor Narsisyan yapmıştır. Eski Çırağan Sarayı’nın tahta binası yıkılarak yerine yenisinin taştan temelleri konmuştur. Sarayın paha biçilmez işlemeli kapılarından bin altın değerinde olan biri Vortik Kemhacıyan’ın elinden çıkmış. Sultan II. Abdülhamit bu kapılardan bir tanesini, onları çok beğenen dostu Almanya İmparatoru Kayzer II. Wilhelm’e armağan etmiştir. Dünyanın her yanından nadide mermer, porfir, sedef gibi maddeler getirtilerek sarayın yapımı için kullanılmıştır. Yalnız sahil inşasında 400.000 Osmanlı lirası harcanmıştır. Yapımına 1863’te başlanan Çırağan Sarayı 1871’de bitirilirken 2,5 milyon altın harcanmıştır.

Son kez 1876 yılının Mart ayında buraya gelerek bir süre dinlenen Sultan Abdülaziz, halk arasında mevlevihanenin yıktırılarak saray arsasına katılmasının uğursuzluk getireceği gibi söylentiler çıkması üzerine Çırağan Sarayı’nı terk ederek Dolmabahçe Sarayına yerleşmiştir.
Sultan Albdülaziz’in yeğeni olan V. Murat 30 Mayıs 1876’da padişah olmuş, 31 Ağustos 1876’da tahttan akli dengesini yitirdiği için indirilmiş ve bugün Beşiktaş Lisesi olarak kullanılan Harem binasına nakledilmiştir. 29 Ağustos 1904 tarihinde de bu ikametgahında vefat etmiştir.
1909’da Çırağan Sarayı yangını
14 Kasım 1909’da Çırağan Sarayı Meclis-i Mebusan Binası olarak kullanılmaya başlanmıştır. Bu dönemde sarayda II. Abdülhamid’in büyük sanat koleksiyonundan Rembrandt ve Ayvazovski’nin eserlerine yer verilmiştir.
20 Ocak 1910 yılında Meclis-i Mebusan Salonu’nun üst bölümünde ve çatı katındaki kalorifer bacasından çıkan bir yangınla saray 5 saat içerinde yanmıştır. Çok değerli antikalar, II. Abdülhamid’in özel koleksiyonu ve V. Murat’ın kütüphanesi de yanarak kül olmuştur.
I. Dünya Savaşı sonunda İstanbul’un işgal altında bulunduğu dönem içerisinde Çırağan Sarayı harabeleri ‘Bizo Kışlası’ ismiyle bir Fransız istihkam kıtası tarafından kullanılmıştır.
1930’da Saray’ın bahçesi, Beşiktaş Futbol Kulübü tarafından ulu ağaçlar kesilerek “Şeref Stadı” adiyla bir futbol sahası haline getirilmişti.
Daha sonradan da Prof. Bonatz ve ünlü Türk mimarı Prof. Sedat Hakkı Eldem tarafından, buraya turistik bir otel yapılmak üzere tetkiklerde bulunulmuştur. 1946 yılında Saray’ın bodrum katında bulunan mevlevi dervişlerine ait mezarlar, bir istihkam yüzbaşısının altın aramak için yaptığı kazılarda tahrip edilmiş aynı yıl içerisinde Saray çıkarılan bir kanunla İstanbul Büyükşehir Belediyesi’ne bırakılmıştır.
1987 yılında otel olarak kullanılmak amacıyla Japon Kumagai Gumi ve Türk Yüksek İnşaat tarafından restorasyonuna başlanmış 1990 yılında otel 1992 yılında ise Saray hizmete açılmıştır. Uzun süren tasarım ve inşaat çalışmaları sonrasında “Çırağan Sarayı Oteli” 1990 yılında açıldı. Tarihi Saray ise kapılarını 1992 yılında açtı.
Saray’da bundan sonra yapılan renovasyon ise 20 Nisan 2006’da bitirildi ve Saray süitleri tamamen yenilendi.
Haliç ve Boğaziçi’nin en güzel yerleri sultanlar ve önemli kişilere saray, köşkleri ve yapıtlar için tahsis edilmişti. Zaman içinde bunların bir çoğu yok olmuştur. Büyük bir saray olan Çırağan’da 1910 yılında yanmıştı. Önceki bir ahşap sarayın yerinde 1871 yılında Sultan Abdülaziz tarafından Saray Mimarı Sarkis Balyan’a yaptırılmıştı. 4 yılda 4 milyon altına mal olan yapının ara bölme ve tavanı ahşap, duvarlarda mermer kaplıydı. Yapımı için Avrupa devletlerinden borç alınmıştır.
Taş işçiliğinin üstün örnekleri sütunları zengin döşenmiş, mekânlar tamamlardı. Odalar nadide halılarla, mobilyalar altın yaldızlar ve sedef kalem işleri ile süslüydü. Boğaziçi’nin diğer sarayları gibi Çırağan da birçok önemli toplantıya mekân olmuştu. Renkli mermerle süslenmiş cepheleri, abidevi kapıları vardı ve arka sırtlardaki Yıldız Sarayına bir köprü ile bağlanmıştı. Cadde tarafı yüksek duvarlar ile çevriliydi.
Yıllar boyu harabe halinde duran kalıntı büyük tamirler sonunda yeniden ihya olmuş, yanına ilave edilen eklentiler ile bir sahil oteline dönüştürülmüştür.
Günümüzde birçok sosyal aktiviteye ev sahipliği yapmaktadır. Yine birçok basın ve halkla ilişkiler ajansı tarafından hemen her gün bir başka basın toplantısına da ev sahipliği yapar.